Mặc dù viêm thực quản trào ngược và hội chứng ruột kích thích liên quan đến rối loạn chức năng của đường tiêu hóa trên và dưới, nhưng chúng có chung nguyên nhân gốc rễ. Sự mất cân bằng hệ thần kinh tự chủ, tăng nhạy cảm nội tạng và rối loạn trục não-ruột là nguyên nhân khiến cả hai bệnh xảy ra đồng thời. Trên thực tế, một số nghiên cứu chỉ ra rằng tỷ lệ mắc đồng thời hai tình trạng này lên tới 40-60%, và chỉ điều trị một bệnh thường dẫn đến bệnh kia kéo dài hoặc trở nặng hơn. Trong y học cổ truyền Hàn Quốc, "Wei-gi-sang-yeok" (sự vận động lên của năng lượng dạ dày) được xem là nguyên nhân gây trào ngược, trong khi "Khí ứ trệ" ở ruột và "Tỳ hư" được cho là nguyên nhân gây hội chứng ruột kích thích. Thuốc thảo dược được bào chế để điều chỉnh cả hai tình trạng cùng lúc (chẳng hạn như các bài thuốc làm dịu cơn đau thượng vị và ợ nóng, và làm ấm các cơ quan nội tạng để hạ bớt năng lượng đang dâng trào) phù hợp với thể trạng của bệnh nhân. Châm cứu cũng được tiếp cận một cách toàn diện bằng cách sử dụng các huyệt đạo từ cả đường tiêu hóa trên và dưới. Đối với viêm thực quản trào ngược hữu cơ (ăn mòn), việc kết hợp điều trị này với thuốc nội khoa thông thường sẽ an toàn hơn.