功能性消化不良呈良性過程，但若有以下警示訊號，必須先排除嚴重器質性疾病可能。即無意的急劇體重下降、吞嚥困難、反覆嘔吐，以及便便發黑或帶血的出血跡象。若有這些症狀，應先做胃鏡等精密檢查，而非先做韓方治療。

韓方診所觀點

診所也會在初診時務必確認這些警示訊號。若判斷為無危險訊號的功能性消化不良，便安心推進治療；若有可疑之處，則建議先做精密檢查。原則上在確認安全後才治療。