慢性肩峰撞擊症候群（持續超過6個月）比急性期需要更多的治療，因為肩袖周圍的纖維化和沾黏會增厚，肩峰下滑囊也會發生慢性肥大。但是，如果沒有完全撕裂，並且保留了一些肌肉力量，則可以透過艾灸、埋線和運動療法的結合來恢復功能。對於病史超過五年的患者，需要採取務實的治療方案：將治療目標設定為“恢復日常功能+消除夜間疼痛”，而非“完全緩解疼痛”，並每三個月進行一次評估。在韓醫中，當慢性疾病出現長期血栓和代謝廢物阻塞氣血運行路徑，從而削弱身體的自愈能力時，治療方法是先清除負能量，補充自癒能力，然後再進行治療。由於慢性疾病需要同時增強骨骼和肌腱的功能，因此根據患者體質量身定制的中藥方案顯得尤為重要。東治堂為長期患者制定了治療路線圖，分為短期目標（疼痛減輕50%）→中期目標（恢復活動範圍）→長期目標（維持療效，防止復發）。