疣復發的根本原因在於，冷凍療法雖然可以去除表面病變，但無法徹底清除潛伏在周圍正常皮膚中的HPV病毒。 HPV病毒潛伏在基底層角質形成細胞內，當局部免疫力減弱時，病毒會再次增生。反覆受創的部位，例如手指、手背和腳底，更容易復發。預防復發的策略包括：①治療後在周圍皮膚塗抹局部抗病毒藥物（咪喹莫特）；②透過充足的睡眠、營養和運動增強免疫力；③服用鋅補充劑3個月；④控制壓力。通常情況下，一旦建立了足夠的針對HPV的細胞免疫力，疣在自然消退後就不會復發。服用免疫抑制劑時，治療抗性和復發的發生率會大大增加。在韓國傳統醫學中，疣的復發被認為是正氣不足的表現。如果在冷療間隙持續服用補氣養血的中藥（如T10穴位的中藥或T12穴位的中藥），並配合荊芥和防風散風，則復發週期會逐漸延長。東傑堂建議療程結束後進行3個月的追蹤觀察（T13穴位的中藥）。