虽然反流性食管炎和肠易激综合征分别涉及上消化道和下消化道的功能障碍，但它们的根本原因相同。自主神经系统失衡、内脏高敏感性和脑-肠轴紊乱是导致这两种疾病同时发生的原因。事实上，一些研究表明，这两种疾病同时发生的概率高达40%至60%，而单独治疗其中一种往往会导致另一种疾病持续存在或恶化。在韩医中，“胃气上涌”（胃部能量向上运动）被认为是反流的病因，而“肠气郁结”和“脾虚”则被认为是肠易激综合征的病因。中药配方旨在同时调节这两种疾病（例如，缓解上腹部紧绷和烧心，以及温煦内脏以平息胃气），并根据患者的体质进行调整。针灸疗法也是一种综合治疗方法，通过刺激上下消化道的穴位来进行治疗。对于器质性反流性食管炎（糜烂性），将针灸治疗与常规内科药物治疗相结合更为安全。